Viện Khoa học và Công nghệ Khai thác Thủy sản được thành lập theo Quyết định số 1152/QĐ-ĐHNT ngày 04/10/2011 của Trường Đại học Nha Trang. Tiền thân của Viện là Khoa Khai thác Thuỷ sản - một trong 7 Khoa truyền thống của Trường Đại học Nha Trang (trước đây là Trường Đại học Thủy sản), đảm nhận giảng dạy các cấp, bậc đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ trong lĩnh vực thủy sản và hàng hải.
Kế tục sự nghiệp hơn 58 hình thành và phát triển của Khoa Khai thác Thủy sản, ngày nay Viện Khoa học và Công nghệ Khai thác Thủy sản đã và đang khẳng định vị trí, vai trò của mình trong nghề cá cả nước và là Viện đi đầu trong công tác đào tạo, nghiên cứu và chuyển giao khoa học kỹ thuật, các thế mạnh của Viện như: kỹ thuật chế tạo ngư cụ; kỹ thuật khai thác thủy sản; kỹ thuật hàng hải; pháp luật hàng hải; an toàn tàu cá; hải dương học nghề cá; máy điện và vô tuyến điện hàng hải - đánh cá; điều khiển tàu biển; quản lý nghề cá; quản lý tàu thuyền nghề cá...
Hiện tại, Viện Khoa học & Công nghệ Khai thác Thủy sản gồm có 2 đơn vị trực thuộc là Bộ môn Công nghệ Khai thác Thủy sản, Bộ môn Hàng hải. Viện Khoa học và Công nghệ Khai thác Thủy sản hiện có 21 cán bộ cơ hữu và kiêm nhiệm, trong đó có nhiều cán bộ được đào tạo ở các nước có nghề cá phát triển trên thế giới như Austraylia, Na Uy, Nga, Iceland... với trình độ chuyên môn cao, nghiệp vụ giỏi đáp ứng quá trình công nghiệp hóa, hiện đại hóa nghề cá, góp phần thúc đẩy nghề cá phát triển bền vững.
Trong tổng số 21 cán bộ gồm 04 tiến sĩ; 11 thạc sĩ; 03 kỹ sư, 02 cử nhân và 01 trung cấp, sẵn sàng đáp ứng nhu cầu xã hội về đào tạo, nghiên cứu khoa học, tư vấn chuyên môn, nghiên cứu chuyển giao công nghệ trong các lĩnh vực công nghệ khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản; quản lý nghề cá; sinh học nghề cá; hải dương học nghề cá và hàng hải.
Ngoài các đối tác hợp tác truyền thống của Viện như: Viện Công nghệ sinh học và Môi trường - Đại học Nha Trang, Viện Hải dương học Nha Trang, Viện Nghiên cứu Hải sản Hải Phòng, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản III - Nha Trang, Tổng Cục Thủy sản, Cục Khai thác và Bảo vệ Nguồn lợi Thủy sản, Trung tâm Khuyến nông Quốc gia, Chi cục Khai thác và Bảo vệ Nguồn lợi Thủy sản của 28 tỉnh thành trong cả nước, Viện đã và đang mở rộng hợp tác với các đối tác nước ngoài như FAO, Đại học Cao Hùng (Đài Loan), Đại học Tromso (NaUy), Đại học hàng hải Úc (AMC), Ice Land, Thái Lan, Asian Fisheries Science Journal, POSMA (Đan Mạch).
Huân chương chủ tịch nước tặng Khoa Khai thác Thủy sản (Nay là Viện Khoa học và Công nghệ Khai thác Thủy sản)