Viện Khoa học và Công nghệ Khai thác Thủy sản được thành lập theo Quyết định số 1152/QĐ-ĐHNT ngày 04/10/2011 của Trường Đại học Nha Trang. Tiền thân của Viện là Khoa Khai thác - Hàng hải - một trong 7 Khoa truyền thống của Trường Đại học Nha Trang (trước đây là Trường Đại học Thủy sản), đảm nhận giảng dạy các cấp, bậc đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ trong lĩnh vực thủy sản và hàng hải.

Kế tục sự nghiệp 61 năm hình thành và phát triển của Khoa Khai thác - Hàng hải, ngày nay Viện Khoa học và Công nghệ Khai thác Thủy sản đã và đang khẳng định vị trí, vai trò của mình trong nghề cá cả nước và là Viện đi đầu trong công tác đào tạo, nghiên cứu và chuyển giao khoa học kỹ thuật, các thế mạnh của Viện như: kỹ thuật chế tạo ngư cụ; kỹ thuật khai thác thủy sản; kỹ thuật hàng hải; pháp luật hàng hải; an toàn tàu cá; hải dương học nghề cá; máy điện và vô tuyến điện hàng hải - đánh cá; điều khiển tàu biển; quản lý nghề cá; quản lý tàu thuyền nghề cá...
Hiện tại, Viện Khoa học & Công nghệ Khai thác Thủy sản gồm có 24 cán bộ, trong đó có nhiều cán bộ được đào tạo ở các nước có nghề cá phát triển trên thế giới như Australia, Na Uy, Nga, Iceland, Canada, Hà Lan, Pháp, Nhật, Thái Lan ... với trình độ chuyên môn cao, nghiệp vụ giỏi đáp ứng quá trình công nghiệp hóa, hiện đại hóa nghề cá, góp phần thúc đẩy nghề cá phát triển bền vững. Hiện nay Viện gồm có 3 đơn vị trực thuộc:
- Bộ môn Khai thác Thuỷ sản
- Bộ môn Quản lý Thuỷ sản
- Bộ môn Hàng hải Trong tổng số 24 cán bộ gồm 06 tiến sĩ; 13 thạc sĩ (có 4 giảng viên đang học Nghiên cứu sinh); 05 kỹ sư và cử nhân (05 đang học cao học), sẵn sàng đáp ứng nhu cầu xã hội về đào tạo, nghiên cứu khoa học, tư vấn chuyên môn, nghiên cứu chuyển giao công nghệ trong các lĩnh vực công nghệ khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản; quản lý nghề cá; sinh học nghề cá; hải dương học nghề cá và hàng hải. Viện Khoa học và Công nghệ Khai thác Thuỷ sản hiện đang đảm nhiệm đào tạo 03 bậc học, gồm:
- Tiến sĩ: ngành Khai thác Thuỷ sản
- Thạc sĩ: ngành Khai thác Thuỷ sản và ngành Quản lý Thuỷ sản
- Đại học: ngành Khai thác Thuỷ sản; ngành Quản lý Thuỷ sản; Khoa học Hàng hải và Khoa học Thủy sản.
Viện Khoa học và Công nghệ Khai thác Thủy sản đã và đang hợp tác với nhiều Trường/Viện đào tạo và nghiên cứu khoa học về lĩnh vực Khai thác Hải sản nhằm trao đổi học thuật và đào tạo nguồn nhân lực như: Đại học Tromso (Nauy), Đại học Cao Hùng (Đài Loan), Trung tâm phát triển nghề cá Đông Nam Á (SEAFDEC), Đại học Memorial (Canada), Đại học Kagoshima (Nhật Bản), Viện nghiên cứu Biển và thủy sản (Canada), Đại học Wageningen (Hà Lan), v.v
Bên cạnh đó, Viện đã kết nối với nhiều cơ quan, đơn vị và doanh nghiệp trong nước như: Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ NN&PTNT, Bộ Lao Động và TBXH, Tổng Cục thủy sản, Sở Nông nghiệp và PTNT, Sở Khoa học – Công nghệ các địa phương ven biển, Viện nghiên cứu hải sản, Viện Hải dương học và nhiều doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực khai thác, chế biến và cung cấp dịch vụ cho nghề cá.